As águas subterrâneas são integrantes do ciclo hidrológico e correspondem, aproximadamente, a 97% da água doce disponível na Terra. São utilizadas praticamente em todos os países, desenvolvidos ou não. No Ceará as águas subterrâneas são utilizadas dentro de dois contextos: há regiões que usam permanentemente esse recurso e há regiões que o utilizam quando se encontram em estado de escassez hídrica superficial. Em média o volume explotado por dia para o consumo humano é em torno de 254.230,20 m3/dia, considerando 150 L/hab/dia e população de 48 municípios. Em função da sua importância, a Cogerh evoluiu o monitoramento dos níveis de água dos aquíferos e trabalha de forma a avançar no conhecimento hidrogeológico e hidroquímico, através de estudos específicos.
Cerca de 75% da área do Ceará é formada por rochas do embasamento cristalino, apresentando solos com pequena espessura, significando baixa potencialidade hidrogeológica, em geral, com elevadas concentrações salinas. As áreas sedimentares são representadas pelas bacias sedimentares, Araripe, Potiguar, Ibiapaba e Iguatu, como também pelos aluviões e sedimentos costeiros, formado pelo sistema Dunas, Paleodunas e Formação Barreiras, onde geralmente são encontrados os aquíferos que apresentam água de melhor qualidade. As bacias sedimentares são responsáveis pelos maiores volumes de água subterrânea do semiárido.
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